The phrase 'qu'est-ce que' can be used instead of 'que' or 'comme' as a way of marking an exclamation. 'Qu'est-ce qu'ils allaient s'ennuyer' is a different way of saying 'Comme ils allaient s'ennuyer'. See the section on 'qu'est-ce que / ce que' in this article: http://research.jyu.fi/grfle/exclamation.html